Modeling and automated synthesis of reconfigurable interfaces

Stefan IhmorPaderborn, Univ., Diss., 200

Time-resolved in vivo ubiquitinome profiling by DIA-MS reveals USP7 targets on a proteome-wide scale.

Mass spectrometry (MS)-based ubiquitinomics provides system-level understanding of ubiquitin signaling. Here we present a scalable workflow for deep and precise in vivo ubiquitinome profiling, coupling an improved sample preparation protocol with data-independent acquisition (DIA)-MS and neural network-based data processing specifically optimized for ubiquitinomics. Compared to data-dependent acquisition (DDA), our method more than triples identification numbers to 70,000 ubiquitinated peptides in single MS runs, while significantly improving robustness and quantification precision. Upon inhibition of the oncology target USP7, we simultaneously record ubiquitination and consequent changes in abundance of more than 8,000 proteins at high temporal resolution. While ubiquitination of hundreds of proteins increases within minutes of USP7 inhibition, we find that only a small fraction of those are ever degraded, thereby dissecting the scope of USP7 action. Our method enables rapid mode-of-action profiling of candidate drugs targeting DUBs or ubiquitin ligases at high precision and throughput

Rekonfigurierbare Schnittstellen

Die neu ins Leben gerufene Schriftenreihe EINGEBETTETE, SELBSTORGANISIERENDE SYSTEME (ESS) widmet sich einer sehr aktuellen Thematik der Technischen Informatik. Seit Jahren durchdringen eingebettete Systeme unseren Alltag in fast allen Lebensbereichen. Angefangen von automatisierten Türöffnungssystemen, über komplex gesteuerte Servicemaschinen, z.B. Waschmaschinen, bis hin zu mobilen, persönlich zugeordneten Systemen wie Mobiltelefone und Handheld-Computer sind eingebettete Systeme zur Selbstverständlichkeit geworden. Der Aspekt der rekonfigurierbaren Schnittstellen zwischen einzelnen Komponenten eingebetteter Systeme wird in diesem ersten Band aufgegriffen. Der erste Beitrag befasst sich mit der systematischen Modellierung von Schnittstellen. Zunächst werden aktive Tasks und Kommunikationsmedien unterschieden sowie die Parameter der Zielarchitektur in den Entwurfsprozess für Schnittstellen eingebracht. Darauf aufbauend wird eine systematische Konzeption von Schnittstellen vorgestellt und bewertet. Der zweite Beitrag betrachtet das Problem der Rekonfigurierung von Schnittstellen zur Gewährleistung von sicherer Funktionalität, auch im Fehlerfall. Die Fehlererkennung und –behandlung werden von der erweiterten Schnittstelle implementiert. In dem dritten Beitrag untersucht Marcel Flade Schnittstellen in Hardware/Software-Systemen. Dabei stellt sich das Problem, die Kontrolle über die Funktionalität der Schnittstelle auf den Software- und Hardwareteil aufzuteilen. Die Beiträge werden durch eine vollständige Implementierung eines Beispiels und eines Werkzeugs zur automatisierten Generierung der VHDL-Implementierung abgerundet. Mit diesen ausgewählten Arbeiten, die in den ersten Band dieser wissenschaftlichen Schriftenreihe aufgenommen sind, werden dem Leser grundlegende Aspekte rekonfigurierbarer Schnittstellen für eingebettete, selbstorganisierende Systeme vorgestellt